Eski Osmanlı sarayının resmi ve doğru birkaç adı vardır. "Topkapı" çok sonraları hepsinin yerini almış ve diğerlerini unutturmuştur. Sarayı yaptıran Fatih Sultan Mehmed daha önce bir saray da Beyazıt'ta yaptırdığından ona Eski Saray, buna da Yeni Saray denmiş. Ama resmi yazılarda "yeni yönetim kurağı" anlamında Saray-ı Cedide-i Âmire" veya daha yaygın olarak "Saray-ı hümâyûn"; Beyazıt'takine de Eski Saray anlamında Saray-ı Atik denmesi kurallaşmış.
II. Mahmud'un (1808-1839) ve oğlu Abdülmecid'in (1839-1861), Beşiktaş kıyılarında yaptırdıkları modern saraylara taşınmalarından sonra, padişahların ve ailelerinin, bu tarihi ata ocağına, denizden saltanat kayiklarıyla gelip Sarayburnu'ndaki Topkapısı'dan giriş çıkış yapmaları âdet olmuş. İki yanında yüksek kuleleri, rıhtımında da toplar bulunan kapının üstündeki ahşap yazlığa da Topkapısı Sahilsarayı denildiğinden zamanla yukarıdaki Saray-ı Hümayûn'a da "Topkapı Sarayı" denir olmuş. Sarayburnu'ndaki sahilsarayı yanmış; kulelerle berkitilmiş Topkapısı yıkılıp yok olmuş, ama her ikisinin adı, yukarıdaki sarayla özdeşleşmiş.
