Boğaziçi Üniversitesi'ne Cumhurbaşkanı'nca rektör atanmasını hukuksuz bulanlar, üniversite bütçesini devletin karşılamasını görmezden geliyor. Diğer devlet üniversitelerinde olduğu gibi Boğaziçi'nde de öğrencilerin masrafı ve akademisyenlerin maaşları devlet tarafından karşılanıyor. Bu yıl bütçeden 426 milyon TL ödenek olan üniversitede öğrenci başına harcama 27 bin TL'yi aşıyor.
Boğaziçi, bütçe-öğrenci dengesinde de Türkiye'de önde gelen üniversitelerin önünde. Boğaziçi Üniversitesi'nde lisans öğrencisi 12 bin 497, yüksek lisans öğrencisi bin 886, doktora öğrenci sayısı bin 027. Toplam 15 bin 390 öğrencisi bulunan Boğaziçi Üniversitesi'nde 200 profesör, 116 doçent, 171 doktora öğretim üyesi, 217 öğretim üyesi, 287 araştırma görevlisi olmak üzere toplam 991 akademik kadrosu var. 426 milyon 130 bin bütçesi bulunan üniversitede öğrenci başına 27 bin 688 lira TL düşüyor. Üniversitede 77 öğrenciye bir profesör düşüyor. Boğaziçi, YÖK'ün internet sitesinde derece yapan 10 üniversitenin bütçe, öğrenci ve akademisyen durumu karşılaştırıldığında ise şu tablo ortaya çıkıyor.