Celal Bayar'ın "1 numaralı" sanık olduğu davada, dönemin Başbakanı Menderes ise onun yanındaki sandalyede oturdu. Türk halkı, "demokrasi getireceğini iddia ederek demokrasiyi yargılayan" davaları "Yassıada Saati" programıyla radyodan takip etti.
Mahkeme sürecinde sanıklara kötü muamele edildiği de gündeme geldi. Darbecilerin, "Düşükler Yassıada'da" ismiyle sanıkları küçük düşürmek amacıyla çektikleri film de dönemin kabul edilemez görüntüleri arasına girdi.
592 sanıktan 288'i için idam istendi
Yassıada'daki sözde yargılamalar, 14 Ekim 1960'ta başlayıp 15 Eylül 1961'de karara bağlandı. Toplam 19 dosyada toplanan davalar "anayasayı ihlal" davasıyla birleştirildi. Tutuklular "vatana ihanet, Meclis iç tüzüğünün değiştirilmesi, Kırşehir'in ilçe yapılması, CHP'nin mallarına el koymak"tan suçlu bulundu. Yassıada duruşmalarında 6-7 Eylül olaylarından da DP sorumlu tutuldu.
592 sanıktan 288'i için idam istendi. Kararı açıklayan Yüksek Adalet Divanı, 15 sanığı idam cezasına çarptırdı.
Eski Cumhurbaşkanı Celal Bayar, eski Başbakan Adnan Menderes, eski Dışişleri Bakanı Fatin Rüştü Zorlu, eski Maliye Bakanı Hasan Polatkan'ın idam kararları oy birliğiyle alındı. Eski TBMM Başkanı Refik Koraltan, eski TBMM Başkanvekilleri Agah Erozsan, İbrahim Kirazoğlu, eski Tahkikat Komisyonu Başkanı Ahmet Hamdi Sancar, eski Tahkikat Komisyonu üyeleri Nusret Kirişçioğlu, Bahadır Dülger, eski bakan Emin Kalafat, eski milletvekilleri Baha Akşit, Osman Kavrakoğlu, Zeki Erataman ile eski Genelkurmay Başkanı Rüştü Erdelhun hakkındaki idam kararları ise oy çokluğuyla alındı.
- Bazı isimler affedildi
Aralarında eski bakan, eski milletvekilleri, Tahkikat Komisyonu üyeleri, İstanbul Valisi ile İstanbul Belediye Başkanının da bulunduğu 31 sanık hakkında ise müebbet hapis cezası verildi. Sanıklardan 92'si 6 yıl ile 20 yıl arasında ağır hapis, 94'ü 5 yıl ağır hapis cezasına çarptırıldı. Bazı sanıklar kısa süreli hapis cezasına çarptırılırken bazıları beraat etti.
Birçok yabancı ülke lideri, idamların durdurulması için Cemal Gürsel başkanlığındaki Milli Birlik Komitesi'ne defalarca çağrıda bulundu. Bunun üzerine Komite, Celal Bayar, Adnan Menderes, Hasan Polatkan ve Fatin Rüştü Zorlu dışındakilerin idam cezasını affetti. Celal Bayar'ın cezası yaş haddi nedeniyle ömür boyu hapse çevrildi.
Fatin Rüştü Zorlu ve Hasan Polatkan, 16 Eylül 1961'de sabaha karşı idam edildi. Menderes ise 17 Eylül 1961'de sağlık muayenesini yapan doktor heyetinden "sağlam" raporu alınmasının ardından, İmralı Adası'na götürüldü. İlk durak, komutanın odası oldu. İdam kararı yüzüne okundu. Menderes'in dilinden "Allah milletimize zeval vermesin." cümlesi döküldü. İdam sehpasına gitmeden önce din görevlisi ile birkaç dakika konuştu. Ardından beyaz gömlek giydirildi.
Menderes'in idam sehpasına çıkarıldıktan sonraki son sözleri, "Hayata veda etmek üzere olduğum şu anda devletim ve milletime ebedi saadetler dilerim. Bu anda karımı ve çocuklarımı şefkatle anıyorum..." oldu. Menderes, 17 Eylül'de saat 13.21'de İmralı Adası'nda idam edildi.