Bayern Münih, çoğunluğu Münih veya Bavyera kökenli olmayan 11 kişi tarafından 27 Şubat 1900'de Fussball- Club Bayern München adıyla kuruldu. Kuruluş tarihinde eyalet bayrağından gelen mavi-beyaz olan renkleri, 1906'da Münih Spor Kulübü'yle birleşmesi sonucu kırmızı-beyaza çevrildi.
20. Yüzyıl başlarında günümüzün dev markalarının olduğu otomotiv sektörünün gelişmesiyle Bavyera birden çok zengin bir eyalet haline geldi. O zamana kadar daha çok kırsal nüfus barındırması ve değişik bir Almanca diyalektle konuşması nedeniyle kuzeyli Almanlar tarafından direkt söylenmese de bir anlamda küçük görülen Bavyera'daki bu refah artışı futbol takımına da yansıdı.
Bayern Münih çok kısa zamanda Bavyera'nın en güçlü futbol takımı olurken, 1932 yılında ilk kez Almanya Şampiyonluğu'na ulaştı. Bir Bavyera takımın bu başarısı Münih'te büyük kutlamalarla karşılandı. Ancak ertesi sene Bayern'in çöküşü başladı. 30 Ocak 1933'te Naziler'in yani Adolf Hitler'in iktidara gelişiyle histeriye dönen Yahudi düşmanlığı, Bayern Münih'te etkili olan Yahudiler nedeniyle gözleri negatif olarak kulübe döndürdü.
Şampiyon takımın hocası ve kulüp başkanı Yahudi'ydi. Almanya'yı saran Anti-semitizm bu insanların ülkeden kaçmasına neden olurken, Yahudi takımı olarak mimlenen Bayern yerine şehrin diğer takımı 1860 Münih'i öne çıkardı.
II. Dünya Savaşı'nın bitmesi ve Hitler'in iktidardan gitmesiyle ülkede yeni bir dönem başladı ama savaşın, yakıp yıktığı Almanya'nın toparlanması için zaman gerekiyordu. Nazilerin izlerini silmek için Almanya'daki bütün kulüpler feshedildi. Bayern Münih savaş öncesi futbolcularını toplayıp tekrar kuruldu.
Önce Öbesliga denen yerel ligler oluşturuldu. Bayern, Nazi dönemindeki çöküşünden sonra Öbesliga'da oynuyordu ama başarılı değildi hatta küme bile düştü.
1963'te Bundesliga yani milli lig kurulduğunda, son 12 sezondaki başarılar dikkate alınarak, Bavyera eyaletinden 1860 Münih bu lige dahil edilirken, Bayern Münih dışarıda kaldı.
YÜKSELİŞ BAŞLIYOR
1962 yılında Sepp Maier'in ve sonra da Gerd Müller'in takıma katılmasıyla bugün dahi hafızalardan silinmeyen takım kurulmaya başlanıyordu. Efsanenin başlangıç yılı tam olarak 1964 olacaktı, o yıl daha sonra Kayzer yani imparator olarak anılacak olan Franz Beckenbaur'la sözleşme imzalandı.
Bayern, 1965te Bundesliga'ya yükselirken, Müller hala kırılamayan bir rekor olarak 26 maçta 33 gol attı. İlk sezonda ligde üçüncü olurken, DFP Pokal denen Almanya Federasyon Kupası'nı kazandı. Bu şampiyonluk sayesinde ertesi sezon katıldığı UEFA Kupa Galipleri Kupası'nda da şampiyon olunca ilk büyük uluslararası başarı geldi.
Efsane takım olma yolunda ilerlerken alt yapıdan gelen ve Rangers'a karşı finalde takımının tek golünü atan Roth ve Schwarzenbek'le özkaynak düzenini de kuruyordu.
1967'de Beckenbauer, 1968'de ise Müller yılın futbolcusu seçildi.
1968-1969 Sezonunda hem ilk kez ligde şampiyon oldu hem de federasyon kupasını kazanarak, ülke içinde ilk büyük başarını yakaladı. 1970'de takımın başına henüz 35 yaşında olan Uto Lattek geldi ve estiği zaman ayakta kalan rakip bırakmayan Bayern fırtınası başladı.
70'LERDE ALTIN DÖNEM
1971-74 yılları arası arka arkaya üç sezon Bundesliga şampiyonu olurken, 1974-76 arası yine kesintisiz olarak üç kez Avrupa Şampiyon Kulüpler Kupası'nı kazanan ilk takım oldu. O yıllarda takımın yıldızları arasına forvette Rummenige ve Uli Hoenes de eklenmişti.
Her şeyin bir sonu vardı hele ki futbolda bir kuşağın ömrü çok sınırlıydı.
1976-1979 yılları arası takımın duraklama dönemiydi.
1979'da Beckenbauer'ın ABD'nin şov takımı Cosmos'a gitmesiyle yaprak dökümü başladı.
Müller onu takip etti, Schwarzenbeck doğal yoldan, kaleci Maier ise trafik kazası geçirerek futbola veda etti.
1980'lerin başında takımın yeni yıldızları Breitner ve Rummenige'ydi.
Bu ikiliye, şampiyon oldukları 1980- 81 sezonunda toplam 46 gol attıkları için isimlerinin kısaltması olarak Breitnige deniyordu.
Bayern Münih, 1960'ların sonunda başlayıp bugüne kadar devam eden başarısında 27 kez Bundesliga, 18 kez Federasyon Kupası, 7 kez Almanya Süper Kupası, 6 kez Lig Kupası, 5 kez Şampiyonlar ligi, 1 kez UEFA ve 1 kez de UEFA Süper Kupa kazandı.