MHP ve ülkücü kuruluşlar davasında yargılandı ve somut delil yetersizliğinden 1982 yılında serbest bırakılan Alaattin Çakıcı, 1982 yılında tahliye oldu.1987 yılında Alaattin Çakıcı, en parlak dönemini yaşıyordu. 3 – 12 Ağustos 1987 tarihleri arasında yurt dışına çıksa da 10 gün sonra Türkiye'ye döndü.
Alaattin Çakıcı, kendisine ASALA ile mücadele etme konusunda getirilen teklifi kabul etti. Kontr-terör dış ve iç operasyonlar birimi kapsamında özel askeri eğitime tabi tutulan Çakıcı, eğitim sonrasında tim komutanı olarak görevlendirildi. 1990 yılı Ekim ayında yaralama nedeniyle bir süre tutuklu kaldı. Çakıcı, Şubat 1995'te gazete ve televizyonlara bülten şeklinde faks çekti ve Dev-Sol lideri Dursun Karataş'ı öldüreceğini bildirdi.
Alaattin Çakıcı, 1972 yılında Gönül Kurtuluş ile evlendi. Bu evlilikten Ali, Aytül ve Betül isimlerinde çocukları oldu. Alaattin Çakıcı, bir dönem eşinden boşanmış ve ünlü kabadayılardan Dündar Kılıç'ın kızı Uğur Kılıç ile 20 Mayıs 1991 yılında Trabzon'da evlendi. 4 Kasım 1994 yılında boşandılar.
20 Ocak 1995 yılında Alaattin Çakıcı, eski eşi Uğur Kılıç'ın ölümünde azmettirci olduğu gerekçesiyle 19 yıl 2 ay ceza aldı. Yurtdışında kaldığı sürede; ABD, Belçika, İtalya, Güney Afrika, Brezilya, Singapur, Japonya ve Fransa'da dolaştığı belirlendi.
Çakıcı, 17 Ağustos 1998 yılında Türk ve Avusturya polisiyle birlikte düzenlenen bir operasyonla Fransa'nın Nice kentinde yakalandı. Bir süre sonra Türkiye'ye iade edildi. 14 Aralık 1999 tarihinde Kartal cezaevine konuldu. 29 Kasım 2002 tarihinde serbest bırakıldı.
Karagümrük Baskını davasından dolayı Çakıcı, 7 Nisan 2004 tarihinde 3 yıl 4 aylık bir hapis cezasına çarptırıldı. Hakkında çıkarılan yakalama kararı sonrası 14 Temmuz 2004 tarihinde Avusturya'nın Graz kentinde yakalandı. 5 Ekim 2004 tarihinde Viyana Eyalet Mahkemesi Çakıcı'nın Türkiye'ye iadesine karar verdi. 14 Ekim 2004 tarihinde Tekirdağ Tipi Cezaevine koyulan Alaattin Çakıcı, 15 Temmuz 2016 yılında Bolu F Tipi Cezaevine nakledildi. Mart 2017 yılında Kırıkkale'nin Keskin ilçesindeki F Tipi Cezaevine nakledilmesine karar verildi. 30 Mart 2017 yılında Bolu F Tipi Cezaevinde tutulurken çeşitli gerekçelerle 10 ay hapis cezası daha verilmiştir.
2020 yılının Nisan ayında infaz düzenlemesi kapsamında tahliye edilmiştir.