Anayasa Mahkemesi'nin 'ihlal' kararıyla tutuklu Balyoz sanığı kalmazken, sürecin bu şekilde işleyeceğini dört yıl önce bilen Mahir Kaynak en çok konuşulan isimlerden biri oldu. Kaynak 23 Ocak 2010'da kaleme aldığı yazısında
"Şimdi çok akıllı bir şekilde yürütülen projenin ikinci safhasındayız. Belgelerin değiştirilmiş olduğu ortaya çıkacak ve ne darbe kalacak, ne de ordu düşmanlığı" diyerek belirtmişti.