Zaman'a göre, aramaların JİTEM'de papaz olarak çalışmalar yapan 'Deniz Uygar' kod adlı gizli tanığın ifadeleri doğrultusunda gerçekleştirildiği iddia edildi. Uygar'ın, sorgu sırasında "Misyonerlik karşıtı televizyon programları ve seminerleri birlikte yaptık." dediği kişilerin isimlerini savcıya verdiği öğrenildi. Bunun üzerine bu kişilerin ifadeye çağrılmasına ve evlerinin aranmasına karar verildi.
Ergenekon soruşturması çerçevesinde önceki gün 7 ilde gerçekleştirilen ikinci operasyonda Zekeriya Beyaz'ın da aralarında bulunduğu 6 kişinin evlerinde arama yapılmıştı. Operasyonlarda gözaltı olmadı. Savcı Zekeriya Öz'e ifade veren JİTEM mensubu Deniz Uygar'ın, söz konusu isimlerle ilgili önemli iddialar ortaya attığı öğrenildi. Uygar'ın verdiği ifadede, "Zekeriya Beyaz ile TUSHAD'ın talimatları doğrultusunda misyonerlere yönelik likidasyon (tasfiye) amaçlı televizyon programı yaptık. Şahin Filiz, Abdurrahman Küçük, Kadir Albayrak, Salim Çöhce ile TUSHAD'dan gelen talimatla misyonerlere yönelik likidasyon amaçlı konferanslar verdik." dediği ileri sürüldü.
Ayrıca operasyonlarda evi aranan Salim Çöhce'nin Zirve katliamı soruşturmasında tutuklanan akademisyen Ruhi Abat ile sıkı irtibatlı olduğu, Çöhce'nin Türk-Kürt çatışması için öğrencileri provoke ettiği ileri sürüldü. Operasyon kapsamında Zekeriya Beyaz, Şahin Filiz, Mehmet Aydın ile Abdurrahman Küçük, Kadir Albayrak ve Salim Çöhce'nin ev ve işyerlerinde arama yapılmıştı.