Fatih Sultan Mehmet'in 1455 yıllında Enez'i fethetmesiyle camiye dönüştürülen mabet, 1965'de meydana gelen depremde büyük zarar görmüştü.
Büyük ölçüde zarar gören Enez Ayasofya Cami-i Şerifi ibadete kapatılmıştı.
Vakıflar Genel Müdürlüğünce 2015 yılında caminin restorasyon çalışması için görüşmeler başlatıldı.