Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemi'ne geçilmesinden sonra şu ana kadar toplam 13 adet genelge ve kararname yayımlandı. Kararnameler ile, ilgili kurum ve kuruluşların durumları şöyle belirlendi:
Cumhurbaşkanlığı'na bağlı kurum ve kuruluşlar:
Devlet Arşivleri Başkanlığı
Devlet Denetleme Kurulu
Devlet Denetleme Kurulu
Genelkurmay Başkanlığı
İletişim Başkanlığı
Milli Güvenlik Kurulu Genel Sekreterliği
Milli İstihbarat Teşkilatı Başkanlığı
Milli Saraylar İdaresi Başkanlığı
Savunma Sanayi Başkanlığı
Strateji ve Bütçe Başkanlığı
Türkiye Varlık Fonu
Tasarruf Mevduatı Sigorta Fonu
Hazine ve Maliye Bakanlığı'na bağlı kurum ve kuruluşlar:
Darphane ve Damga Matbaası Genel Müdürlüğü
Gelir İdaresi Başkanlığı
Milli Piyango İdaresi Genel Müdürlüğü
Özelleştirme İdaresi Başkanlığı
Türkiye İstatistik Kurumu
Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurulu
Kamu Gözetimi, Muhasebe ve Denetim Standartları Kurumu
Sermaye Piyasası Kurulu
Türkiye Cumhuriyeti Merkez Bankası
Ziraat Bankası
Halk Bankası
Türkiye Vakıflar Bankası
Türkiye Kalkınma Bankası
Merkezi Finans ve İhale Birimi
Bunlara ek olarak AFAD ve Göç İdaresi Genel Müdürlüğü İçişleri Bakanlığı'na,
Avrupa Birliği Bakanlığı, AB Başkanlığı Dışişleri Bakanlığı'na bağlandı.
Kararnamelerle ayrıca KOSGEB, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı'nın ilgili kuruluşu oldu.
Devlet Tiyatroları ile Devlet Opera ve Balesi Genel Müdürlüğü, Kültür ve Turizm Bakanlığı'na bağlanırken,
Türkiye Emlak Bankası A.Ş. Çevre ve Şehircilik Bakanlığı'na,
Türkiye İhracat Kredi Bankası A.Ş. ise Ticaret Bakanlığı'na bağlı oldu.
Öte yandan, 8 nolu kararname ile Hazine ve Maliye Bakanı ile Milli Eğitim Bakanı da Yüksek Askeri Şura üyesi yapıldı.
