Cumhuriyet gazetesi, aktif siyasete atıldıktan sonra da Cumhuriyet Vakfı Yönetim Kurulu'ndaki üyeliğinin devamı için girişimlerde bulunan gazetenin eski Ankara Temsilcisi olan ve yazarı Mustafa Balbay'la yollarını ayırdı. "
Gazetecilik ile siyaseti ayırma" ilkesinin "Ergenekon davası sürecindeki mağduriyeti" dikkate alınarak Balbay için bir süre uygulanmadığını duyuran Cumhuriyet, CHP'de aktif siyaset yaptığı için Balbay ile ilişkilerini kestiklerini açıkladı. Mustafa Balbay ise Cumhuriyet'ten tasfiye edildiğini söylerken bu durum "
Gülen'i eleştiren yazılarına devam edince cemaatin ele geçirdiği Cumhuriyet, Balbay'ın ipini çekti" şeklinde yorumlandı.
