Bu olaydan sonra dönemin dönemin Karakuvvetleri Komutanı Başkanı Yaşar Büyükanıt hakkında Van Savcısı Ferhat Sarıkaya tarafından bir iddianame hazırlanmış fakat Sarıkaya'nın iddianamesi kabul edilmediği gibi meslekten de men edilmişti.
Van 3. Ağır Ceza Mahkemesi, sanık astsubaylar Ali Kaya ve Özcan İldeniz'i öncelikle çete kurma suçundan bir yıl 11 ay 10'ar gün hapse mahkûm etmiş, mahkeme, ardından sanıkları Mehmet Zahir Korkmaz'ı öldürmekten 25'er yıl, Seferi Yılmaz'ı öldürmeye teşebbüsten 12'şer yıl, Metin Korkmaz'ı yaralama suçundan 6'şar ay hapis cezasına çarptırmıştı.
Daha sonra sanıkların temyiz başvrusu üzerine Yargıtay 1. Ceza Dairesi görevsizlik kararı vererek dosyayı terör, örgüt ve devletin birliğini bozmaya yönelik eylem davalarına bakan Yargıtay 9. Daire'ye göndermişti. 9. Ceza Dairesi kararı eksik soruşturma gerekçesiyle bozarak sanıkların eylemini "terörle mücadele görevleri kapsamında" görmüş, yargılamanın askeri mahkemede yapılmasını istemişti.
Van 3. Ağır Ceza Mahkemesi, davayı askeri mahkemeye göndermeyince hâkim hakkında inceleme başlatılmış, 14 Aralık 2007 tarihinde, Van Jandarma Asayiş Kolordu Komutanlığı Askeri Mahkemesi'nde görülen ilk duruşmalarında, tutuklu astsubaylar Ali Kaya ve Özcan İldeniz ile PKK itirafçısı Veysel Ateş tahliye edilmişti.
Hakkâri Ağır Ceza Mahkemesi de, bombalamanın ardından toplanan halkın üzerine ateş ederek bir kişiyi öldürmek ve beş kişiyi de yaralamaktan 68 gün tutuklu kalan uzman çavuş Tanju Çavuş'u, "tutuklu kaldığı süre, suçun vasıf mahiyeti, ceza miktarı ve sabit ikametgâhının bulunduğu" gerekçesiyle tahliye etmişti.
