Ataşehir Mimar Sinan Camisi'nde öğle vakti düzenlenen cenaze töreninde, 81 yaşında vefat eden Kaynak'ın eşi Şükran Kaynak, kızları Melike Beykoz, Prof. Dr. Deniz Ülke Arıboğan ve damadı Lutfi Arıboğan'ın da aralarında bulunduğu yakınları, taziyeleri kabul etti.
Cenaze törenine, İstanbul Valisi Vasip Şahin, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Kadir Topbaş, İstanbul Emniyet Müdürü Selami Altınok, 1. Ordu Komutanı Orgeneral Salih Zeki Çolak, Fatih Belediye Başkanı Mustafa Demir, eski MİT Kontrterör Dairesi Başkanı Mehmet Eymür, eski MİT Müsteşar Yardımcısı Cevat Öneş, eski Star Medya Grup Başkanı gazeteci Mustafa Karaalioğlu, gazeteci Mete Çubukçu ve yazar Cem Küçük'ün de aralarında bulunduğu çok sayıda isim katıldı.
9. Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel'in yanı sıra çok sayıda kişi ve kurumun da çelenk gönderdiği törende, üzerinde "Müsteşar" yazılı çelenk dikkati çekti.
İstanbul Müftüsü Rahmi Yaran'ın cenaze namazını kıldırdığı Kaynak'ın Türk bayrağına sarılı tabutu, zabıta mangası tarafından İstanbul Büyükşehir Belediyesi'ne ait cenaze aracına taşındı.
Kaynak'ın cenazesi, Karacaahmet Mezarlığı'nda toprağa verildi.