Törene katılan protokolün, Danıştay saldırısında hayatını kaybeden hakimin cenaze töreninde olduğu gibi tacize uğramaması için bazı önlemler alınsa da, protestolar engellenemedi. Siyasiler ve törene katılacak olan protokol, özel bir alandan camiye girdi. Kocatepe Camii'ndeki namazın ardından, Başbakan Erdoğan ve hükümet üyeleri, naaşın bulunduğu musalla taşının önüne gelmek isterken, protestolar yaşandı. Vatandaşlar "Türkiye laiktir, laik kalacak" sloganları atarken, "yuh" sesleri de yükseldi.
