Yener Balkaya, Kemalpaşa ilçesine bağlı Kazimiye Köyünde doğdu. İlk ve Orta öğrenimini Kemalpaşa İlçesinde tamamlayan Balkaya, lise öğrenimini ise Artvin Endustri Meslek Lisesinde 1985 yılında tamamladı.1992 Yılında Ege Üniversitesi Astronomi ve Uzay Bilimleri Bölümünden bölüm birincisi olarak mezun oldu. Sonrasında, 1993 yılında Boğaziçi Üniversitesi bünyesinde kurulan Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü adına yüksek lisans ve doktorasını yapmak üzere devlet bursu ile Amerika Birleşik Devletleri’ne gönderildi. Yabancı dil eğitimini University of Miami'de tamamladı. Pittsburgh ve Carnegie Melon Üniversitesi'nde yüksek lisansını en yüksek not ortalamasıyla 1997 yılında bitirdi. Amerika'da Carson Long Askeri Akademisinde ve Maryland eyaletine bağlı yüksekokullarda da ders vermeye başlayan Balkaya, daha sonra Türkiye'ye dönerek NATO personeli için Kurulan Mef İnternational School eğitim kurumlarında ve SEV Amerikan Kolejinde eğitimci olarak görev yaptı. 2016 yılında memleketi Hopa'ya dönüş yapan Balkaya, 2017'de Hopa Ticaret ve Sanayi Odası Yönetim kuruluna seçildi. Evli ve üç çocuk babası olan Balkaya, ileri derece İngilizce bilmektedir.