7 Şubat 2012'de
MİT Müsteşarı Hakan Fidan'ı tutuklamaya çalışarak gün yüzüne çıkan, 17 ve 25 Aralık 2013 operasyonlarıyla demokratik yollarla seçilmiş hükümete darbe girişiminde bulunan paralel yapıyla mücadelede yeni bir aşamaya geçildi.
Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan başkanlığında ilk kez toplanan MGK, paralel yapıyı "milli güvenliği tehdit eden unsurlar" arasına aldı. Paralel yapının,
"Kırmızı Kitap" olarak bilinen, Türkiye'nin iç ve dış tehdit unsurlarını ve mücadele yöntemlerini tanımladığı
"Milli Güvenlik Siyaset Belgesi"ne de tehdit olarak girdiği belirtildi. MGK sonrasında yapılan açıklamada paralel yapıyla mücadeleye verilen öneme dikkat çekildi, ilk maddede "Milli güvenliğimizi tehdit eden ve kamu düzenini bozan iç ve dış legal görünüm altında illegal faaliyet yürüten paralel yapılanmalar ve illegal oluşumlar ile yürütülen mücadelenin kararlılıkla sürdürüleceği vurgulanmıştır" denildi.
