MGK'nın tavsiye niteliğindeki bu kararın da yok hükmünde sayıldığı, atılan bu adımlardan dolayı cemaatin önde gelen isimlerinin Başbakan Erdoğan'a teşekkür ettiği belirtildi.
Taraf Gazetesi "Gülen'i bitirme kararı 2004'te MGK'da alındı" iddiasını gündeme getirdi. Haberde MGK karar metni yayımladı. Metinde özetle 24 Haziran 2004'te düzenlenen toplantıda "Türkiye'deki nurculuk faaliyetleri ve Fethullah Gülen" konusunun MGK toplantısında gündeme geldiği ifade edildi.
Haberde, hükümete asla bağlayıcı olmayan tavsiye kararları almak dışında başka bir görevi bulunmayan MGK'nın, dönemin Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer imzalı kararında Gülen cemaatinin faaliyetlerinin tespiti ile ilgili bir eylem planı hazırlanması tavsiyesi yer aldı.
Askeri vesayetin kendini iyiden iyiye hissettirdiği o günlerde, aslında Milli Güvenlik Kurulunda ortaya çıkan belgeden çok daha ağır ifadeler yer alıyordu.
Ancak Başbakan Erdoğan Başkanlığındaki hükümet üyelerinin toplantıda bu ifadelerin sakıncalı olduğu ifade edildi. Hükümetin bastırmasıyla o ağır cümlelerden bir çoğu kaldırıldı, değiştirildi ve iyiyden iyiye hafifletildi.
Haksız ve anti demokratik ifadelerin ve bir gruba yönelik kin'in yer aldığı metnin bu şekilde değiştirilmesinden sonra cemaatin önde gelen isimleri Başbakan Erdoğan'a, o ağır ifadeleri metinden çıkarmasından dolayı teşekkür etti.
Antidemokratik ve bir gruba yönelik haksız ifadeler içeren MGK'nın tavsiye niteliğindeki kararı AK Parti hükümeti tarafından değiştrilmekle kalmadı, geçen sürede karar yok hükmünde sayıldı.. Karardan sonra hiçbir Bakanlar Kurulu kararı yayınlanmadı, hiçbir yasa çıkarılmadı ve hiçbir genelge yayınlanmadı.
Tavsiye kararının bir işe yaramayacağının delili aslında dönemin deniz kuvvetleri komutanı ve balyoz eylem planı davasının sanığı oramiral Özden Örnek'in günlüklerinde de yer aldı. Günlükte 2004 yılındaki MGK kararı hatırlatılarak; "Tasfiye kararı imzalandı ancak bilmem ki ne işe yarayacak" ifadeleri de MGK'da imzalanan tavsiye kararının tümüyle yok hükmünde olduğunun açık göstergesiydi.
MGK'nın 2004 yılındaki kararı arşivin en karanlık noktasına gömüldü ancak antidemokratik uygulamaların bir daha yaşanmaması için gereken tedbirler de bir bir alındı.
Hükümet bu karara uygun hareket etmek bir yana, o toplantıdan sonra ilk iş olarak, MGK'nın sivilleşmesi için düğmeye bastı. 2 ay sonra da ilk sivil genel sekreter, Yiğit Alpogan göreve başladı.
Ayda bir yerine iki ayda bir toplanmaya başlanan Milli Güvenlik Kurulu'ndaki sivilleşme sürerken, 28 Şubat'ın kalıntılarından olan emniyet asayiş yardımlaşma protokolü Emasya kaldırıldı.
Emasya'nın kaldırılmasının ardından aynı yıl içinde "kırmızı kitap" olarak adlandırılan,, Milli Güvenlik Siyaset belgesi yenilendi. "irtica" iç tehdit olmaktan çıkarıldı.
